• 民國42年設立本學系之前身台灣省立海事專科學校三年制漁撈科。

• 民國53年改制為台灣省立海洋學院漁業學系。
• 民國56年獲「中國農村復興聯合委員會」（現農委會之前身），全額補助（20萬元）興建台灣首座「環流式水槽」，進行網具模擬試驗，開創網具流體力學研究之先鋒。

• 民國62年設立台灣省立海洋學院漁業研究所碩士班，為本校創校以來第一個成立的研究所，培育更高級之漁業專門人才。
• 民國62年興建本系系館「中正漁學館」，提昇本系對漁業資源及海洋科技之研究。

• 民國66年中正漁學館全部完工，本系67年遷入後使用至今。

• 民國68改制為國立台灣海洋學院漁業學系、漁業研究所。
• 民國69年購置冰凍切片機，提昇魚類生殖生物學的研究。
• 民國70年開始與「經濟部漁業幹部船員訓練中心」（現農委會漁業署遠洋漁業開發中心之前身）合作，利用所屬訓練船『漁訓一號』帶領本系學生出海實習。

• 民國70年日本長崎大學實習漁船鶴洋丸師生一行，由船長阿部茂矢副教授率領來院參觀訪問，並與本系簽訂學術合作。
• 民國70年購置魚群探測器，開啟科學漁探的研究。
• 民國71年本系與日本長崎大學學術合作，漁業陳哲聰主任等13位師生，搭乘實習船鶴洋丸號前往南太平洋新幾內亞北方海域1個半月，研習美式圍網漁場探測及作業方式。
• 民國72年由本系系友叢樹朗先生致贈學校海報亭乙座。

• 民國72年購置溫、深、鹽流向流速偵測器，開啟海洋環境的研究。
• 民國73年建置移動式試驗水槽，魚類對網地反應行為的觀察研究。

• 民國74年購置監視系統，輔助魚類行為學的研究。

• 民國74年購置漁撈作業模擬系統，將漁撈作業理論視覺化。

• 民國74年購置個人電腦，為本校率先引進個人電腦的科系，開創漁業研究科技化的重要里程。
• 民國76年設立國立台灣海洋學院漁業研究所博士班。
• 民國78年改制為國立台灣海洋大學水產學院漁業學系、漁業研究所。
• 民國81年建置大型環流水槽，改進第一代環流水槽穩定層流之不足。

• 民國81年購置水平式聲納，拓展科學漁探研究的新視野。
• 民國82年改名為國立台灣海洋大學水產學院漁業科學學系、漁業科學研究所。
• 民國83年購置拉力機，推展漁具材料力學之研究。
• 民國83年購置倒立式顯微鏡，提昇浮游植物之研究。
• 民國83年購置海洋資料衛星接收器及衛星影像處理系統(HRPT)，開啟衛星於漁業科學及海洋學之相關研究。

• 民國86年購置氣象衛星接收儀，提昇了海洋氣象研究之能力。
• 民國90年購置軟式X光放射裝置。
• 民國91年購置伽瑪放射線儀，提昇魚類生理學之研究
• 民國91年奉准更名為環境生物與漁業科學學系暨研究所。
• 民國92年購置螢光流動細胞儀，提昇海洋微生物循環之研究。