系所願景
發展目標
我國沿近海域之生態環境
臺灣地處北太平洋西部，為東海陸棚之邊緣區，與太平洋相鄰之一端，其東南側為深度大於 4,000 公尺 之菲律賓海盆北端；而東北及西北兩側則屬深度小於 200 公尺 之東海陸棚，並有數條西北走向且深度大於 200 公尺之海溝突入臺灣東北部海域。此外，臺灣週邊海域有龜山島、基隆嶼、花瓶嶼、棉花嶼、彭佳嶼、釣魚台、綠島、蘭嶼、小琉球及澎湖群島等大小島嶼及許多沒入水中之天然岩礁、珊瑚礁星羅散布其中；加上海洋環境變動及地球自轉之偏向力，使黑潮流軸碰撞東海陸棚後，主流向東北偏折，繼續朝著西北太平洋前進，另有一股支流向西北偏轉，並在台灣東北部海域形成常年存在之地型性湧昇冷水渦，將深層黑潮水之營養鹽送達有光層，以供生物生產之所需，成為海洋生物棲息、索餌、成長及繁殖之場所。另一方面，隨著季節之推移，臺灣海峽水及大陸沿岸水亦在台灣西部海域海域交會混合，而不同流系帶來不同的海洋生物及魚種，使其生物相呈現多樣分布特性，水產資源豐富且多樣。 由於台灣四周海洋棲地生態環境多樣化，除了河口生態系外，其東部海域有岩礁海岸、珊瑚礁或海藻床、深海大洋及深海熱泉等生態系；在西部海域又有沙 / 泥灘地、沙洲潟湖、紅樹林或草澤等生態系，以臺灣陸域面積不及全世界陸域間的萬分之三來看，臺灣沿近海域之海洋生物多樣性種類甚高，約佔全球物種的十分之一。
臺灣漁業經營現況
海洋生物資源是世界的重要糧食資源，提供人類百分之十六以上之蛋白質資源，隨著人口之增加，各國無不採取可確保水產資源穩定供需之措施。而臺灣位居生物多樣性高的海域，往來世界三大洋重要漁場相當便利，擁有發展沿岸漁業、近海漁業及遠洋漁業之先天優勢環境，且漁業向來為我國重要的產業之一，產量已超過 150 萬公噸，產值超過新臺幣 1,000 億元，主權外的國際海洋生物資源之年產量在 80 萬公噸以上，是世界第六大遠洋漁業國，第二及第三大鮪漁業國和魷漁業國，漁業經營實力不容小覷。
世界漁業資源現況
由於全人類的水產品消費量過大，而且選擇性的消費，已讓地球上生物間的自然消費平衡崩潰，資源減少、物種滅絕、生態失衡，特別是再生生物資源之生產效率降低等現象不斷出現；除了環境污染 ( 大氣污染、水域污染 ) 、氣候變遷等原因外，就海洋漁業而言，漁業捕撈強度過剩也是重要原因之一，而 FAO 之專家工作小組針對利用中之 200 種重要漁業資源進行評估，有 75 ％以上之資源已呈過度開發或已達完全開發之階段，也就是過多的漁撈努力量，競逐有限的漁業資源；另外，所有的漁業活動均會對海洋生態造成衝擊，包括對棲地的破壞及混獲問題。因此像海龜、鯨魚、海豚等海洋哺乳類動物、海鳥及部分種類之鯊魚等被圍網、延繩釣、流網等混獲，已成為國際環境保育、資源保育之重要議題。 臺灣為地球村的成員之一，對於全世界漁業資源的保育、復育與管理，有必要肩負應有的責任與義務，加上臺灣沿近海漁業之資源現況，也與世界各沿岸國同樣面臨著資源長期處於低水準的窘境。因此， 海洋生物之資源評估及解析、海洋環境與污染之調查與監測、生物生態及生理之解析、海洋生物生殖生物學之研究、保育生物學之管理研究、海洋生物生態之保護與管理、保育型漁具漁法之研究、漁業地理資訊系統之建製與維護、全球氣候變遷對漁業之影響、衛星遙測與監測在漁業之應用、漁業管理等領域 、全球氣候變遷的因應及漁業經營策略的調整等，都是漁業永續經營所必需重視課題。
本系未來發展目標
漁業產業的經營，主要仰賴海洋生物之自然資源，而海洋生物為一種可再生資源，在有效管理及合理利用制度下，海洋生物資源即可生生不息，永續利用 。 過去海洋商業捕魚主要以生產為導向，導致全球漁業資源有過度捕撈的狀況，因此如何保護與管理海洋漁業資源，已引起世界各國的高度關注與重視，當然也受到國際漁業管理組織及環保團體的積極介入。 本系為研究海洋漁業及環境生物之最高學府， 應善用我國之生態環境優勢及漁業經營實力，以漁業活動，配合研究，蓄積海洋環境與生態系之知識，對生物資源之保育與合理開發提出因應對策，善盡漁業強國的責任，同時 培育新世代之漁業研究、企劃、管理人才，並 以「生態環境保護」、「資源保育」及「永續利用」為前提，推動符合生態漁業之管理模式，建立資源管理型漁業。
「更新日期：2023年11月30日」